C'était une des principales missions de la Boise de Saint-Nicaise à sa création en 2016 : obtenir un renforcement et une extension des protections patrimoniales sur l'église Saint-Nicaise, déjà inscrite à l'inventaire supplémentaire des monuments historiques (MH) le 23 décembre 1981. C'est désormais chose faite : l'église Saint-Nicaise et son mobilier ont été classés MH le 12 mai 2022 par arrêté de la ministre de la culture Roselyne Bachelot. La demande de classement, formulée par l'association, a été portée avec pugnacité par la sénatrice Catherine Morin-Desailly et la ville de Rouen, propriétaire de l'édifice, a fini par en accepter le principe sous le mandat de Nicolas Mayer-Rossignol.
Le classement MH signifie non seulement un renforcement des protections sur l'église et ses abords, mais également un investissement supérieur de l'État en termes de restauration, jusqu'à 40 % du coût global, ce qui devrait assurer la durabilité de sa reconversion.